Pelayanan Farmasi di Puskesmas Pakem merupakan bagian dari Integrasi Layanan Primer (ILP) lintas klaster yang bertanggung jawab penuh dalam pengelolaan sediaan farmasi, Bahan Medis Habis Pakai (BMHP), serta penyelenggaraan farmasi klinik yang berorientasi langsung kepada pasien. Unit ini mencakup seluruh rangkaian proses mulai dari penerimaan dan skrining resep, penyiapan obat, pemberian label dan etiket, hingga pemberian informasi obat (PIO) serta konseling oleh apoteker guna menjamin kualitas pengobatan dan keamanan pasien (patient safety). Dengan mengedepankan standar pelayanan kefarmasian yang tertuang dalam peraturan menteri kesehatan, layanan ini memastikan setiap pasien mendapatkan edukasi yang tepat mengenai dosis, aturan pakai, serta cara penyimpanan obat demi tercapainya hasil terapi yang optimal bagi masyarakat.